MARDI ditubuhkan dengan objektif utama untuk menjana dan mempromosi teknologi baru, wajar dan efisyen untuk kemajuan industri makanan, pertanian dan industri asas tani.

Akta MARDI 1969 telah membawa kepada penubuhan MARDI pada 28 Oktober 1969. MARDI telah beroperasi sepenuhnya pada tahun 1971.

MARDI diurus dan dipandu mengikut dasar dan peraturan yang diputuskan Lembaga Pengelola MARDI dengan persetujuan Menteri Pertanian dan Keterjaminan Makanan. Bagi perkara berkaitan kewangan, persetujuan Menteri Kewangan turut diperlukan.

Majlis Sains MARDI pula memastikan program teknikal MARDI mencapai tahap kualiti dan keberkesanan yang maksimum.

Visi kepimpinan MARDI telah berkembangan daripada pembangunan keupayaan, penubuhan sistem penanaman dan perladangan ke arah pengkomersilan teknologi, pengurusan kualiti menyeluruh dan budaya kecemerlangan bagi mencapai pengiktirafan di peringkat kebangsaan dan antarabangsa.

Peristiwa penting yang menyumbang kepada pembangunan MARDI termasuklah:-

• Pindaan Akta MARDI dalam tahun 1990 telah membenarkan penglibatan MARDI dalam aktiviti pengkomersilan. Hasil dari pindaan tersebut, MARDITech Corporation Sdn. Bhd. telah ditubuhkan pada tahun 1992, ditukar kepada MARDI Holdings Sdn. Bhd. pada tahun 2015 dan akhirnya telah distruktur semula pada 2017 menjadi MARDI Corporation Sdn. Bhd. 
   
• Dengan usaha gigih dalam pengurusan kualiti, MARDI telah dianugerah sijil MS ISO 9001:1994 pada tahun 1998. Sijil ini ditingkatkan ke MS ISO 9001:2000 pada tahun 2004. Diteruskan dengan persijilan MS ISO 9001:2008 pada tahun 2011 dan seterusnya berhijrah ke MS ISO 9001:2015 pada tahun 2017 sehingga kini.
  
  
• Makmal analisis MARDI juga telah diakreditasikan dengan MS ISO/IEC 17025:2017 (1 mikrobiologi makanan dan pertanian di Ibu Pejabat dan 1 di MARDI Kota Kinabalu, Sabah dan 1 makmal analisis kimia di Ibu Pejabat).
  
  
• MARDI juga dipersijilkan dengan MS ISO/IEC 27001:2022 (information security management systems) di Pusat IM. Sehingga kini, MARDI dibawah Unit Intergriti merancang untuk mendapatkan persijilan MS ISO 37001:2016 ABMS (Anti-Bribery Management System).
  

•  
• Pengukuhan sistem penyampaian teknologi sebagai sebahagian dari pendekatan inovasi menyeluruh dilaksanakan dengan penubuhan test-bed dan inkubator teknologi pada tahun 2005 sebagai komponen program pembangunan usahawan
   
• Membudayakan pengurusan pengetahuan dalam sistem operasi MARDI mulai tahun 2005
   
• Struktur organisasi terkini telah berkuat kuasa pada 1 Mei 2015 serta penjajaran fungsi MARDI telah diperkukuhkan pada 1 Februari 2019.
   
• Penubuhan beberapa stesen penyelidikan tambahan berasaskan zon agro-iklim dalam negara, termasuk di Sarawak dan Sabah. Stesen di luar negara juga pernah ditubuhkan seperti di Mali dan Malawi di Afrika
   
• Pengiktirafan di peringkat antarabangsa dicapai melalui jalinan kerjasama dengan organisasi penyelidikan dan universiti di benua Asia Tenggara, Asia Timur, Asia Barat, Ocenia, Eropah dan Amerika Syarikat. Maklumat lanjut
   
• Penyelidikan usaha sama juga dilaksanakan dengan institusi penyelidikan antarabangsa seperti INIBAP, ACIAR, IRRI, IPGRI, CABI, ABC (Hungary), AVRDC, EU/ALTERA Greenworld Research, IAEA dan FAO. Perundingan teknikal mengenai pembangunan pertanian juga ditawarkan kepada negara Kyrgyzstan, Bosnia-Herzegovena, Syria, Qatar, Kampuchea dan Ivory Coast
   
• MARDI Corporation Sdn. Bhd.  juga turut terlibat dalam mempromosikan hasil aktiviti MARDI di peringkat dalam dan luar Negara.